Die Botanische Staatssammlung ist eine Forschungseinrichtung der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns für die Erforschung der Biodiversität im Bereich der Pflanzen und Pilze. Zu ihren Aufgaben gehören phylogenetische Forschungen, die Entwicklung moderner Methoden der Verwandtschaftsforschung und die Pflege, Erweiterung und Bearbeitung der Pflanzen- und Pilzsammlungen. Diese Sammlungen umfassen die ganze Welt und alle Pflanzen- und Pilzgruppen.

Die Botanische Staatssammlung ist darüber hinaus ein internationales Zentrum zur Erhebung und Bereitstellung von Informationen zur Biodiversität. Sie tut dies durch die Erteilung von Auskünften, durch die Herausgabe wissenschaftlicher Veröffentlichungen, durch das Verleihen von Sammlungsmaterial zu Forschungszwecken und durch die Entwicklung von wissenschaftlichen Datenbanken für das Internet.

Mit fast 3 Millionen Sammlungsstücken gehört sie zu den größten und bedeutendsten botanischen Sammlungen der Welt.